Fu grazie all'iniziativa dell'Università Cattolica del Sacro Cuore e della Katholieke Universiteit Nijmegen (Nijmegen, Paesi Bassi) se nel 1924 le università cattoliche iniziarono a riunirsi in una Federazione per discutere su questioni specifiche. Questi sforzi si concretizzarono l'anno successivo durante un incontro presso l'Institut Catholique de Paris dove 14 università provenienti da varie parti del mondo furono rappresentate in una prima Assemblea Generale.

Ma solo dopo la Seconda Guerra Mondiale fu fondata la Fœderatio Universitatum Catholicarum che venne riconosciuta da un Decreto della Santa Sede nel 1948 e da Papa Pio XII nel 1949, e nel 1965 divenne la Federazione Internazionale delle Università Cattoliche.